mercoledì 27 gennaio 2016

Nuovi Organismi e sequenze genetiche come si procede?


Genbank è una delle banche dati internazionale dove si depositano le sequenze geniche che i ricercatori ottengono. Qui: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore
Nel corso delle mappatura in laboratorio ci sono sequenze che sostituiscono quelle vecchie quando risultano errori di qualsiasi tipo in un campione. E la sequenza viene ritirata.
Lo si fa per qualsiasi microrganismo.
Spiegazione per i non tecnici: come funziona qui la faccenda? Io sono una ricercatrice, trovo un batterio nuovo, lo metto nella banca dati; poi faccio altri studi analisi non so che, e mi rendo conto che ci sono delle cose da rettificare; a sto punto come funziona? C'è qualcuno che gestisce la fase della rettifica? Posso "far sparire" il vecchio e sostituire col nuovo senza lasciare traccia? E’ tecnicamente possibile? O rimane per forza lo storico?
Risposta: Se ci si è accorti di un errore si sostituisce la vecchia con la nuova ... Per esempio su una sequenza cambiano pochissime lettere.. Questo non significa far sparire senza lasciare traccia perché c'è sia la vecchia che la nuova
Non so se l'esempio calza ma mi viene in mente il sequenziamento del DNA mitocondriale. Il DNA mitocondriale è stato sequenziato per la prima volta nel 1981 da Sanger e collaboratori a partire da materiale placentare umano. Anderson è il primo autore citato nel lavoro e quindi questa sequenza viene indicata come "sequenza di Anderson o CRS (Cambridge Reference Sequence). Nel 1999 è stato rianalizzato lo stesso materiale placentare da Andrews e collaboratori trovando 11 differenze nucleotidiche. A questa nuova sequenza è stato dato il nome di "revised Cambridge Reference Sequence" (rCRS). Sono perciò cose che succedono in tutti i campi.
Non si può dire che le mutazioni sono "scomparse". Si può dire che le sequenze provvisorie sono state corrette, ma son sempre lì.
Domanda: questa letterina diversa crea una differenza tra la due versioni così grande da generare due risultati molto lontani tra loro?
Risposta: non lo si può dire a priori ovviamente, in generale dipende da che tipo di sequenza si tratta, da dove è presente la differenza nucleotidica (genica, intergenica, ecc). Spesso si tratta di semplici polimorfismi di sequenza, cioè variazioni di singolo nucleotide o SNPs, che devono essere studiati caso per caso. Anche nel genoma umano ci sono tantissimi SNPs. La percentuale è bassissima quindi non si parlerebbe di mutazione ma di "morfo".
Non posso esprimermi a priori naturalmente o nel caso specifico, ma prima di parlare di mutazione ce ne passa. Anche nell'uomo (come in qualsiasi altra specie) ci sono variazioni fisiologiche di questo tipo, cioè dei semplici polimorfismi. Sono molto comuni.
Domanda: Qual è la causa di un errore durante un campionamento?

Inquinamento del campione, tramite organismi oppure elementi fisici, a volte anche con alti o bassi dosaggi

Rassegna stampa agricola 27 gennaio 2016






martedì 26 gennaio 2016

Lunedì 1 febbraio ore 17 e 30 Adipa Puglia organizza con l'Università Popolare Aldo Vallone di Galatina una conferenza su “ La biodiversità nel Salento”


Lunedì 1 febbraio ore 17 e 30 Adipa Puglia organizza con l'Università Popolare Aldo Vallone di Galatina una conferenza su “ La biodiversità nel Salento”

Interverranno:

- Maria Luisa Quintabà, presidentessa Adipa Puglia che illustrerà le attività dell'Associazione.

- Francesco Minonne: “ Tradizione, innovazione, biodiversità”;

- Gabriele Maiorani: “Le banche dei semi diffuse e il ruolo del coltivatore come custode di biodiversità”;

- Maria Occhinegro: “Il poeta e l'erba del vicino”.
...
A partire dalle 17,30 Adipa Puglia allestirà uno stand per lo scambio di semi e talee di piante alimentari e decorative.
Lo SCAMBIO è aperto a tutti nei limiti della disponibilità di semi e talee.

Chiunque sia interessato alla diffusione delle piante ortive e da giardino, venga a trovarci.

Laboratorio Urbano Salento Km0 - To kalò fai di Zollino

Ci siamo! Finalmente pronto il calendario delle attività del Laboratorio Urbano Salento Km0 - To kalò fai di Zollino. Tre mesi ricchi di incontri, dibattiti e corsi. I temi sono quelli a noi più cari: l'agricoltura sostenibile, i coltivatori di cambiamento, la biodiversità. Partiamo il 31 con la presentazione del "Parco del Mago": un progetto dal basso per un Parco di Comunità che protegga un'area naturale compresa tra i comuni di Zollino, Sternatia, Soleto, Corigliano, San Donato e San Cesario. Il progetto del Parco del Mago è stato promosso e voluto da Ass. Nuova Messapia di Soleto.
Presto dettagli e aggiornamenti! Intanto...segnatevi le date e non prendete impegni

Per aderire al corso, potete scrivere ad Adipa Puglia: m.quintaba@gmail.com.

Per aderire al corso, potete scrivere ad Adipa Puglia: m.quintaba@gmail.com.

LA CONSERVAZIONE DELLA NATURA: UNA SCELTA OBBLIGATA



Dopo la Seconda Guerra Mondiale il ritmo con cui è andato degradandosi il territorio italiano è andato aumentato anno dopo anno in maniera esponenziale.
Negli ultimi cinquant'anni si è sviluppata in Italia un attività edilizia che non ha confronti con le epoche passate. E' stato calcolato che il 90% circa degli spazi urbani è stato costruito dal dopoguerra ad oggi: solo il 10% di città e paesi (corrispondente ai centri storici) lo abbiamo ereditato dalle generazioni precedenti.
Si è costruito in ogni dove: si sono tagliati boschi, abbandonate colture, si è ridotto il terreno permeabile; si sono ignorate la natura, il sottosuolo, le cavità dei terreni e i sottili sistemi che connettono e regolano i meccanismi naturali. Il risultato di questo fenomeno è riassunto nella carta d’Italia rappresentata in Fig.1, risultato dello studio Ecosistema Italia compiuto dal WWF Italia nel 1996.
Nell’ambito di questo studio il territorio italiano è stato studiato con un GIS (GIS è l’acronimo di Geographical Information System e sta ad indicare un sistema cartografico
informatizzato, ovvero elaborato cartografando le informazioni contenute in una banca dati) per verificare quali fossero le aree ancora naturali o seminaturali e quali invece quelle da considerarsi antropizzate. A questo scopo il territorio nazionale è stato suddiviso in quadrati teorici di 100 m x 100 m e per ciascuno di essi sono stati elaborati i valori di diverse variabili, sia di tipo naturalistico che antropico. Il tutto verificato sulla base di principi di tipo ecologico, ossia considerando non soltanto la qualità dell’ambiente, ma anche la sua estensione, la sua continuità e la presenza di
determinate specie, per un totale di 21 variabili sovrapposte ed elaborate tra loro anche in relazione all’estensione territoriale.
Dalla carta si desume che in Italia la natura è concentrata nelle zone montane delle Alpi e dell’Appennino, oltre che in alcune regioni che per motivi storici hanno conservato una qualità territoriale elevata, come ad esempio la provincia di Grosseto, non a caso la meno densamente popolata della penisola italiana. Appaiono evidenti anche fenomeni del tutto negativi, primo tra tutti lo stato delle nostre coste: se da Trieste si parte per cercare una zona ecologicamente funzionale
si deve arrivare alle foci del Po e poi ai laghi di Lesina e Varano a nord dello sperone del Gargano. Ad esempio risalta in termini negativi lo stato delle coste della Sicilia, tra l’altro reclamizzata a fini turistici proprio per il suo mare, degradate in percentuale altissima.
Lo studio Oloferne del WWF Italia, nel 1998, ha infatti stabilito che le coste italiane sono per il 51 % intensamente antropizzate, per il 14 % antropizzzate in maniera diffusa e solo per il 25% ancora integre.
Soltanto in Sardegna questo rapporto si inverte, con il 75% di coste ancora libere completamente dalle costruzioni.
Analoghe considerazioni possono farsi per le pianure: la Val Padana è caratterizzata da una antropizzazione diffusa e continua, lo stesso va detto per le regioni costiere adriatiche, per le zone di Roma, Firenze e per tutto il bacino del napoletano.
Osservando sempre la Fig. 1 si nota anche come la continuità ambientale in Italia rischi di essere interrotta dalla eccessiva antropizzazione di alcune aree, quali ad esempio la Valle dell’Adige, la zona appenninica tra Bologna e Firenze, il territorio tra Milano e Como.
In Italia il problema della conservazione dell’ambiente naturale è quindi duplice: non soltanto la distruzione di ettari di territorio che hanno caratteristiche naturali, spesso concentrate in aree omogenee come le coste o la pianura, ma anche la frammentazione degli ambienti naturali. Ogni anno nel nostro paese circa 100.000 ettari di territori agricoli, naturali o seminaturali vengono trasformati in parcheggi, strade, insediamenti industriali, urbanistici e altre forme di antropizzazione. In Europa dal 1970 ad oggi si è perso il 2% del territorio agricolo, in Italia il 20%.
Questo problema, la cui gravità è legata all’irreversibilità, ha in realtà effetto non soltanto sui territori che subiscono la trasformazione, ma sulla naturalità dell’intero territorio nazionale a causa della frammentazione che subiscono gli ecosistemi.
Adesso, finalmente, i motori dell'espansione tendono a rallentare.
Contemporaneamente si manifesta una sempre maggiore presa d’atto delle problematiche ambientali. Oggi, sempre più, il territorio viene inteso come una realtà complessa, come insieme di risorse naturali, potenzialità e rischi, come sedimentazione di cultura, lavoro e storia. Il territorio è un oggetto complesso perché in esso le opere e le trasformazioni dell’ambiente, progettate ed eseguite per le esigenze della società, interagiscono con le regole della natura.
Trascurare o sottovalutare questa complessità è sbagliato, eppure è quello che si è fatto nel governo del territorio in Italia.
Si è insomma dimenticato che la complessità si governa solo con strumenti complessi, che le trasformazioni ammissibili hanno bisogno di tempi lunghi.
La sfida per la nostra generazione e per quelle future è perciò di fornire risposte alternative per lo sviluppo, l’occupazione ed il benessere, attraverso il risanamento e azioni finalizzate al raggiungimento di obiettivi precisi, che assumano come spazio di azione tutto il territorio, inteso come un unico ambiente di pregio.
Il compito delle discipline che si occupano di assetto del territorio e di sviluppo diviene allora, soprattutto, quello di impostare le condizioni per una possibile rigenerazione delle componenti ambientali.
Il fabbisogno di natura aumenta con il crescere del tempo libero, ma rischia anch'esso di "consumare" l’ambiente come un qualsiasi "prodotto" senza promuovere una “cultura del territorio”, che può essere diffusa solo attraverso la restituzione di significato ai luoghi e ai beni culturali e ambientali. Le Aree Protette non sono altro che i laboratori in cui sperimentare le pratiche da applicare progressivamente all’intero territorio.

Rassegna stampa 26 gennaio 2016